薬剤師のプログラミング学習日記

プログラミングやコンピュータに関する記事を書いていきます

バンコマイシンTDM-ベイズ推定プログラムを実装するー

前回記事では入力された患者情報から母集団PKパラメータを用いてバンコマイシン(VCM)の血中濃度推移をシミュレーションするプログラムを作りました。今回はベイジアン法により対象患者のPKパラメータを推定し、算出されたAUCを基にして推奨投与量を求める…

Pythonでバンコマイシンの血中濃度プロファイルをシミュレーションする

日本化学療法学会がホームページで公開しているバンコマイシンTDMソフトウェアで PAT(Practical AUC-guided TDM for vancomycin)というWebアプリケーションがあります。名前が示すように、AUCガイドによる投与設計を実践するためのTDMソフトです。ソフトの…

MPラーニング動画中のタップをPythonで自動化する

認定薬剤師の単位を取ることができるMPラーニングの動画を私はスマホで見ているのですが、続きを視聴するために1コンテンツ中に何度もタップを要求されます。(短いときには数十秒おきに!) 今回の記事では、このスマホのタップをPythonで自動化して、最後…

画像の回転角度をCNNの回帰で予測する

CNNといえば画像の分類問題でよく目にしますが、回帰問題にも用いることができます。分類問題ではデータがどのクラスに属するか、という問題を扱いますが、回帰問題では入力データから連続的な数値の予測を行います。 そこで、回転した画像からその回転角度…

YOLOv3のData Augmentationとモデル評価

前回はとりあえずオリジナルのデータセット(錠剤とカプセルの画像)で学習して、実際にそれらが検出できるかというところまでやってみました。しかし、Lossの落ちやモデル評価までは踏み込めていなかったので、今回はこれらについて少し掘り下げてみようと…

物体検出モデルYOLOv3で画像から錠剤を検出する

前回は錠剤画像の刻印を強調してみましたが、今度は物体検出モデルを使って薬が写った画像から錠剤(またはカプセル)を検出してみます。 Windows10でkeras版のYOLOv3を使用しました。 環境を構築し、自分で写真を撮ってオリジナルのデータセットを作成して…

錠剤画像の刻印(識別コード)を強調させて表示する

薬剤師をしていると調剤された薬の監査や持ち込まれた薬の鑑別を毎日のようにしますが、現在はこれらの業務の支援システムがいろんなメーカーから出ているようです。 共通してみられる機能に、撮影した錠剤の画像から薬がどの薬であるかを推定できる、あるい…

Pythonを定期実行してExcelファイルの中身を確認する

指定したExcelファイル内を検索して、特定のワード(語句)があるかどうかを確認するPythonプログラムを定期的に自動実行するようにしました。共有フォルダなど自分の管理外にあるようなExcelファイルが不定期に更新される場合、自分に必要な情報が載ってい…

手書き数字認識CNNモデルを自作データセットで再学習する

あらかじめMNISTで学習しておいたCNNモデルを自分で集めた手書き数字画像データセットに対して精度が高くなるよう再学習しました。 事前学習済みCNNモデルの重みを微調整する 手書き数字画像データセットを可視化する グレースケール画像でデータを描画 PCA…

自分の手書き数字のデータセットを作る

自分で集めた手書きの数字画像からデータセットを作りました。MNISTのように、手軽に自分のモデルの学習に使うことができるようにプログラムを書きました。 数字画像データを人手でラベル付けする データ拡張(Data Augmentation) 画像を水増ししてラベル間…